Coloriage : avis – comment choisir – comparaison Coloration avancée – PyMOLWiki

Coloration de base

N’importe quelle molécule dans PyMOL peut se voir attribuer une couleur en utilisant les petits boutons les plus à droite dans la liste des objets (dans la partie supérieure droite de la fenêtre principale de l’interface graphique. La commande Couleur fera de même.

PyMOL possède un ensemble de couleurs prédéfinies qui peuvent être modifiées dans le Paramètres-> Couleurs menu.
Vous pouvez également utiliser la commande Set_Color.

Coloration des structures secondaires

Pour attribuer des hélices, des feuilles et des boucles à des couleurs individuelles, procédez comme suit:

color red, ss h
color yellow, ss s
color green, ss l+''

Lorsque la couleur saigne des extrémités des hélices et des feuilles en boucles, procédez comme suit:

set cartoon_discrete_colors, 1

Ou activez Dessin animé -> Couleurs discrètes dans le menu GUI.

Coloration par type d’atome

L’util.cba * (« Color By Atom ») commande les atomes de couleur selon le type: oxygène en rouge, azote en bleu, hydrogène en blanc. Le carbone obtiendra des couleurs différentes, selon la commande:

Par exemple:

va colorer l’objet Trois par type d’atome, avec les atomes de carbone en jaune.

La commande util.cnc colorera tous les atomes en fonction du type, comme dans les commandes util.cba * énoncées ci-dessus, à l’exception des atomes C.

Par exemple:

va colorer l’objet Trois par type d’atome, mais ne changez pas la couleur de l’atome C.

Couleurs sécurisées CMJN

Il existe deux espaces colorimétriques distincts sur les ordinateurs: RVB (rouge-vert-bleu), qui est destiné aux écrans, et CMJN (cyan-magenta-jaune-noir), destiné à l’impression.
Certains triplets RVB n’ont pas d’équivalents dans l’espace CMJN. Par conséquent, une figure qui a fière allure sur un écran peut sortir avec des couleurs imprévisibles lors de l’impression.

La plupart des applications font un bon travail avec les conversions RVB en CMJN pour les photos, mais ne font pas un bon travail avec des graphiques qui utilisent des couleurs primaires pures. Par exemple, les rouges sont généralement OK, mais les bleus et les verts purs ne se traduisent pas très bien.

Voici quelques valeurs RVB qui se trouvent dans la gamme CMJN (c’est-à-dire qui sont « CMYK-safe »):

#optimized rgb values for cmyk output:
set_color dblue= [0.05 , 0.19 , 0.57]
set_color blue=  [0.02 , 0.50 , 0.72]
set_color mblue= [0.5  , 0.7  , 0.9 ]
set_color lblue= [0.86 , 1.00 , 1.00]

set_color green= [0.00 , 0.53 , 0.22]
set_color lgreen=[0.50 , 0.78 , 0.50]
set_color yellow=[0.95 , 0.78 , 0.00]
set_color orange=[1.00 , 0.40 , 0.0 ]

# these are trivial
set_color red=   [1.00 , 0.00 , 0.00]
set_color mred=  [1.00 , 0.40 , 0.40]
set_color lred=  [1.00 , 0.80 , 0.80]
set_color vlred= [1.00 , 0.90 , 0.90]
set_color white= [1.00 , 1.00 , 1.00]
set_color vlgray=[0.95 , 0.95 , 0.95]
set_color lgray= [0.90 , 0.90 , 0.90]
set_color gray=  [0.70 , 0.70 , 0.70]
set_color dgray= [0.50 , 0.50 , 0.50]
set_color vdgray=[0.30 , 0.30 , 0.30]
set_color black= [0.00 , 0.00 , 0.00]
##

Notez qu’il existe des couleurs d’atomes par défaut telles que « carbone », « azote », « oxygène », « hydrogène », « soufre », etc. qui devraient également être redéfinies:

set_color carbon= [0.00 , 0.53 , 0.22]
etc.

Coloration avec des « chainbows » d’un script

La fonction arc-en-ciel peut être invoquée par:

util.chainbow("object-name")

Attribuer la couleur par le facteur B

La coloration du facteur B peut être effectuée avec la commande de spectre. Exemple:

spectrum b, blue_white_red, minimum=20, maximum=50
as cartoon
cartoon putty

Couleur, spectre

Création d’une barre de couleur

Pour afficher une barre de couleur verticale / horizontale indiquant la variation du facteur b, utilisez le script pseudobar.pml sur la structure pseudobar.pdb ou procédez comme suit:

1. Créez un fichier pdb contenant uniquement les positions CA, tandis que les nombres correspondent à vos incréments de couleurs souhaités. Assurez-vous que les CA sont séparés par une valeur contante, disons 5 Angstroem.
2. Chargez ce nouveau fichier pseudobar-pdb dans PyMOL, établissez des liaisons entre l’incrément 1 et l’incrément 2 [increment 2 and increment 3 and so on…], définissez / attribuez une couleur lisse à chaque incrément (copie la définition des couleurs à partir des couleurs créées automatiquement par le script de facteur b) et affichez la barre de facteur b sous forme de lignes (ou bâtons).

Voir également le script spectrumbar nouvellement créé!

Coloration différente de l’intérieur et de l’extérieur des hélices

L’intérieur des hélices peut être adressé avec:

set cartoon_highlight_color, red

Colorier tous les objets différemment

Existe-t-il un moyen simple de colorer chaque objet actuellement chargé, avec une couleur différente?
Il existe un script color_obj.py qui fait le travail.

USAGE

       color_obj(rainbow=0)

Cette fonction colore chaque objet actuellement dans la hiérarchie PyMOL
avec une couleur différente. Les couleurs utilisées sont soit les 22 nommées
couleurs utilisées par PyMOL (auquel cas le 23ème objet, s’il existe,
obtient la même couleur que la première), ou sont les couleurs de l’arc-en-ciel

Énumérez la couleur des atomes

Pour récupérer la couleur de tous les résidus dans une sélection, vous pouvez itérer dessus depuis la ligne de commande PyMOL

En Python, cela ressemble à ceci:

import pymol
pymol.color_list = []
cmd.iterate('all', 'pymol.color_list.append(color)')
print pymol.color_list

Les couleurs répertoriées seront en termes de système d’indexation Pymol, voir Obtenir des indices de couleur pour la conversion en noms ou en valeurs RVB.

Voir également